Här-är-du Här-är-du

PageHeaderPortlet PageHeaderPortlet

Job Ads (Full list) Job Ads (Full list)

Doktorandtjänst i datoriserad bildanalys med fokus på multidimensionell mikroskopidata

Publicerad: : 2017-12-04

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 40 000 studenter, 7 000 anställda och en omsättning på 6,5 miljarder kronor.

Institutionen för informationsteknologi bedriver forskning och utbildning i ett spektrum av områden inom datavetenskap och IT. Forskningen är organiserad i fem avdelningar, och avdelningen för visuell information och interaktion huserar Centrum för bildanalys, som har en lång tradition inom teoretisk och tillämpad forskning och forskarutbildning i digital bildbehandling och vetenskaplig visualisering. Fokus är på bildbehandling som sådan, men också på utveckling av bättre metoder, algoritmer och system för tillämpningar inom främst livsvetenskaper, medicin och digital humaniora, bl.a. handskriftsigenkänning. För mer information, se www.it.uu.se.

Forskningsprojekt
Doktorandtjänsten är del av ett nyligen startat 5-årigt forskningsprojekt finansierat av Stiftelsen för strategisk forskning. Projektet handlar om cellmigration; en komplex cellulär process mycket relevant för cancer. Vi kommer samla data och bygga modeller av levande celler i fyra dimensioner i rum och tid, och tillämpa en bred systemmikroskopistrategi genom att kombinera kvantitativa avbildningsmetoder och statistiska modeller med mått från enskilda celler, s.k. ’single cell omics’. Projektet är ett multidisciplinärt samarbete mellan ledande experter inom cellmigration och mikroskopi (Staffan Strömblad, Karolinska Institutet), molekylära verktyg (Ulf Landegren, Uppsala University), digital bildbehandling och bildanalys (Carolina Wählby, Uppsala University), och två företag; Olink Biosciences och Sprint Biosciences.

Arbetsuppgifter
Vi söker en doktorand inom datoriserad bildanalys med fokus på att skapa ett automatiserat tillvägagångssätt för att klassificera celler baserat på deras dynamiska beteende utifrån mikroskopidata insamlat över tid. Den sökande förväntas samarbeta våra projektpartners. Uppgifterna inkluderar utveckling av metoder för analys av data från storskaliga 4D mikroskopiexperiment, och metoderna sträcker sig från lärande-baserade bildsegmenteringsmetoder och klassificering till storskalig statistisk analys.

Kvalifikationskrav
Civilingenjörs- eller mastersexamen inom datavetenskap, bioinformatik eller relaterade områden relevanta för forskningsuppgiften. Goda programmeringskunskaper är ett krav, och expertis i digital bildbehandling och machine learning är meriterande. Doktorandtjänsten är interdisciplinär, och förståelse för/intresse av tillämpningar inom livsvetenskaperna är meriterande. Bra kommunikationsförmåga på engelska, både muntlig och skriftlig, är ett krav.

Doktorandtjänsten är fyra år, men kan förlängas med undervisning och institutionsuppgifter (maximalt 20%). I doktorandutbildningen ingår även deltagande i kurser relevanta för forskningsområdet.

Ansökningsförfarande
Ansökan ska innehålla ett brev där den sökande beskriver motiveringen till att söka denna tjänst, relevanta kvalifikationer och forskningsintressen. Ansökan ska också innehålla en meritförteckning (CV), med kopior av relevanta betygshandlingar, en lista över eventuella publikationer och examensarbete samt övriga dokument som t ex rekommendationsbrev och kontaktinformation för referenspersoner. Vi vill också veta tidigaste möjliga startdatum. Notera att ansökningar bara accepteras via länken nedan.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer http://regler.uu.se/.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Enligt lokalt avtal (Lokalt kollektivavtal för doktorander).

Tillträde: Snarast, tidsbegränsad anställning t.o.m. max 5 år.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av 
Professor Carolina Wählby, carolina.wahlby@it.uu.se, tel 018-4713473.

Välkommen med din ansökan senast den 8 januari 2018, UFV-PA 2017/4481.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Vi tar enbart emot ansökan på det sätt som beskrivs i annonsen.

Placering: Uppsala universitet, Institutionen för informationsteknologi

Anställningsform: Heltid , Visstidsanställning längre än 6 månader

Lön: Fast lön

Antal lediga befattningar: 1

Sysselsättningsgrad: 100 %

Ort: Uppsala

Län: Uppsala län

Land: Sverige

Facklig företrädare: Ellena Papaioannou, Seko
Per Sundman, Saco-rådet
Suzanne Borén Andersson, TCO/ST

Referensnummer: UFV-PA 2017/4481

Sista dag för ansökan: 2018-01-08

Logga in och sök jobbet